Projets de recherche : Exportation

Depuis plus de dix ans, nous cherchons la meilleure façon de développer des outils d’aide à la décision pour les cliniciens qui traitent les maladies diarrhéiques. Cela est important car il est nécessaire de former rapidement un grand nombre de prestataires lors des épidémies de choléra, de les rééduquer rapidement lorsque les directives changent, de lutter contre l’utilisation inappropriée des antibiotiques et de tenir compte des différences épidémiologiques selon les saisons et les lieux. Nous avons créé des outils sous forme papier et numérique, et évalué leur impact dans le cadre d’essais cliniques. Aujourd’hui, nous développons en collaboration des outils numériques qui s’appuient sur des modèles élaborés grâce à l’apprentissage automatique. Dans le cadre d’une vaste collaboration internationale, nous avons mis au point et évalué des algorithmes améliorés pour évaluer la déshydratation chez les enfants et les adultes (projet dirigé par A. Levine à l’université Brown) et fournir une probabilité qu’un patient ne souffre que d’une maladie virale sur la base de données météorologiques, cliniques et épidémiologiques en temps réel (projet dirigé par D. Leung à l’université de l’Utah). En plus de contribuer à améliorer la réponse au choléra, ces outils représentent un changement significatif dans la manière dont l’aide à la décision clinique pourrait être envisagée dans 10 ans.

Cette recherche a pour premier impact d’améliorer le respect des directives en matière de réhydratation et d’antibiothérapie. Son deuxième impact est de permettre une aide à la décision dynamique qui tient compte du lieu et du moment où le patient est traité.

Contexte

À l’échelle mondiale, le risque de propagation rapide et à grande échelle de petites épidémies de choléra reste important. Plutôt que de s’appuyer sur des approches communautaires à grande échelle, les stratégies de lutte contre le choléra pourraient se concentrer sur la maîtrise proactive des premiers foyers. Les interventions ciblées dans les zones touchées (CATI) reposent sur le principe selon lequel la détection précoce des foyers peut déclencher une réponse rapide et localisée dans le rayon à haut risque autour d’un ou plusieurs foyers afin de réduire suffisamment la transmission pour éteindre l’épidémie ou limiter sa propagation. Les données actuelles confirment l’existence d’une zone spatio-temporelle à haut risque de 100 à 250 mètres autour des foyers touchés pendant 7 jours.

Nous émettons l’hypothèse que l’application rapide des CATI réduira la transmission au sein des ménages et dans un périmètre plus large. Cela se traduira par une incidence réduite dans ce périmètre et une diminution du regroupement des cas. L’approche locale des CATI permettra une recherche active des cas et une mise en œuvre durable des interventions. Cela se traduira par un accès rapide aux soins pour les cas détectés, ainsi qu’une réduction de la mortalité et de la transmission communautaire.

Méthodes

Nous proposons d’évaluer l’efficacité d’une stratégie CATI à l’aide d’une étude observationnelle menée pendant une épidémie aiguë de choléra, avec des mesures clairement définies de l’efficacité de l’ensemble des mesures CATI. En outre, nous avons l’intention d’évaluer la faisabilité, les coûts et le processus de mise en œuvre de cette approche. Le programme CATI mis en place par Médecins Sans Frontières (MSF) comprendra des interventions clés visant à réduire la transmission (notamment des mesures relatives à l’eau, à l’assainissement et à l’hygiène au niveau des ménages, la recherche active des cas, la chimioprophylaxie antibiotique et la vaccination orale contre le choléra à dose unique (OCV)), qui ont pour objectif de réduire rapidement le risque d’infection au sein des ménages et dans le périmètre autour du ménage du cas primaire. MSF décidera du contenu du programme CATI utilisé, du rayon d’intervention et de la stratégie de priorisation appliquée si le nombre de cas dépasse la capacité opérationnelle, en fonction des politiques nationales, du contexte local et des considérations opérationnelles. Dans les scénarios où une vaccination préventive a été récemment menée ou est prévue, le CATI et son évaluation se concentreront sur la mise en œuvre avant et pendant la campagne de masse, ou dans les zones où la couverture vaccinale était insuffisante.

La conception de l’étude repose sur la comparaison des effets des CATI qui offrent une protection rapide pour éviter les générations ultérieures de cas, par rapport aux CATI progressivement retardés. Une analyse de régression sera utilisée pour modéliser l’incidence observée de choléra enrichi positif au TDR en fonction du retard de l’intervention (en jours). Le retard reflétera la force inverse de la réponse rapide. Les groupes, en fonction de leurs retards d’intervention, serviront de contrôles internes.

Les interventions ciblées par zone (CATI) reposent sur le principe selon lequel la détection précoce des clusters peut déclencher une réponse rapide et localisée dans le rayon à haut risque autour d’un ou plusieurs foyers afin de réduire suffisamment la transmission pour éradiquer l’épidémie ou limiter sa propagation.

Nous proposons d’évaluer l’efficacité d’une stratégie CATI à l’aide d’une étude observationnelle menée pendant une épidémie aiguë de choléra, avec des mesures clairement définies de l’efficacité de l’ensemble des mesures CATI. En outre, nous avons l’intention d’évaluer la faisabilité, les coûts et le processus de mise en œuvre de cette approche. Le dispositif CATI mis en place par Médecins Sans Frontières (MSF) intégrera des interventions clés visant à réduire la transmission (notamment des mesures relatives à l’eau, à l’assainissement et à l’hygiène au niveau des ménages, la recherche active des cas, la chimioprophylaxie antibiotique et la vaccination orale contre le choléra à dose unique (OCV)), qui visent à réduire rapidement le risque d’infection dans le ménage et dans le périmètre autour du ménage du cas primaire.

Le CATI a été mis en avant comme un élément majeur du programme de recherche mondial du GTFCC. Par conséquent, mener une évaluation prospective rigoureuse de l’efficacité du CATI, qui inclut l’OCV et explique le cheminement vers l’impact, est une question importante et opportune pour le contrôle des épidémies.

Objectif

Évaluer l’efficacité de l’approche d’intervention ciblée par zone (CATI) dans la réduction de l’incidence des nouveaux cas lors d’épidémies de choléra. Ce faisant, déterminer les facteurs qui favorisent une mise en œuvre et des interventions optimales des CATI en vue de réduire le choléra dans les contextes humanitaires et les États fragiles.

But

L’objectif principal est de caractériser la relation entre le délai d’activation de la CATI (temps écoulé entre la présentation du cas dans un centre de traitement du choléra et le début de l’intervention CATI) et l’incidence du choléra dans la zone couverte par les interventions CATI. Les objectifs secondaires sont les suivants :

• Documenter les procédures de mise en œuvre des CATI et formuler des recommandations afin de maximiser leur impact lors de futures épidémies de choléra.
• Décrire l’intégration des activités liées à l’eau, à l’assainissement et à l’hygiène (WASH) et à la santé mises en œuvre via les CATI.
• Caractériser la relation entre l’exhaustivité des CATI (en termes de couverture dans la zone géographique spécifiée et d’activités mises en œuvre au sein des ménages) et l’incidence des nouveaux cas de choléra.
• Estimer l’efficacité des CATI à l’aide de paramètres secondaires (par exemple, incidence déclarée de la diarrhée, chlore résiduel libre (FCR) dans l’échantillon d’eau potable, et connaissances et pratiques visant à prévenir la transmission du choléra).
• Documenter les mécanismes de coordination entre les ministères, les agences des Nations unies (ONU), les clusters et les organisations non gouvernementales (ONG) et formuler des recommandations pour la coordination des interventions futures.
• Conception de l’étude

La recherche proposée sera menée

La recherche proposée sera menée lors de futures épidémies de choléra survenant dans des contextes humanitaires reconnus dans au moins deux pays différents ; les lieux seront sélectionnés en fonction de l’endroit où les épidémies de choléra se produisent et de la présence d’un partenaire de mise en œuvre du CATI. Les organisations qui mettent fréquemment en œuvre des interventions CATI lors de la lutte contre le choléra et qui ont accepté de s’associer à la JHSPH comprennent Action contre la faim, Solidarités International et Medair. Les pays en situation d’urgence humanitaire qui présentent un risque élevé d’épidémies de choléra sont notamment la République démocratique du Congo, le Nigeria, l’Éthiopie, le Mozambique et le Yémen, mais d’autres contextes humanitaires pourraient servir de lieu de recherche si une épidémie de choléra se déclarait et si l’un des partenaires de mise en œuvre susmentionnés intervenait avec une intervention CATI.

L’IRB de la JHSPH a classé cette étude comme une recherche ne portant pas sur des sujets humains. L’autorisation du gouvernement ou de l’IRB sera obtenue avant la conduite de la recherche.

L’équipe de recherche se rendra sur place dès que possible après la documentation du premier cas de choléra et commencera la collecte de données dès que possible. Si le déplacement vers le lieu de l’étude n’est pas possible pour des raisons de sécurité, l’équipe de recherche de la JHSPH mènera l’étude à distance par l’intermédiaire de l’organisation partenaire qui fournit une réponse CATI sur le terrain à l’épidémie de choléra.

Étant donné que l’objectif de la recherche est d’évaluer les CATI mis en place par les ONG en réponse à une épidémie de choléra, il n’est pas possible de recourir à un plan d’étude randomisé. Nous nous appuierons donc sur des groupes de comparaison qui se formeront naturellement, en fonction de l’ampleur de l’épidémie et des capacités de l’organisation d’intervention. Cela nécessitera une approche d’échantillonnage flexible.

Nous prévoyons que la comparaison principale portera sur la mise en œuvre rapide ou tardive des CATI (par exemple, à la fin de l’épidémie) ; toutefois, il est également possible que des zones où les CATI ne sont pas mises en œuvre soient utilisées comme groupe de comparaison [dans les épidémies où les capacités sont insuffisantes pour répondre à tous les cas]. D’autres points de comparaison peuvent inclure le délai entre la présentation du cas et la mise en œuvre du CATI : par exemple, CATI mis en œuvre dans les 24 heures, dans les 2 jours, dans les 3 jours, dans les 4 jours, etc.

La recherche proposée est une étude observationnelle des interventions mises en œuvre par des ONG en réponse à des épidémies de choléra (c’est-à-dire qu’aucune intervention n’est proposée). L’étude comprendra les éléments suivants :

• Observation de la mise en œuvre du CATI
• Entretiens avec des informateurs clés : 1) membres du personnel des ONG chargés de la mise en œuvre du CATI afin de caractériser les forces et les faiblesses perçues de l’intervention, la sélection des ménages, les processus logistiques et les défis liés à la mise en œuvre ; 2) responsables des interventions humanitaires des ONG partenaires, des agences des Nations unies, des gouvernements nationaux et d’autres organisations engagées dans la lutte contre le choléra afin de déterminer les perceptions de l’intervention, de la coordination et de la mise en œuvre du CATI.
• Listes des établissements de traitement du choléra : les informations issues des listes des établissements de traitement du choléra sont utilisées pour planifier les interventions CATI, dans le cadre desquelles chaque personne figurant sur la liste (c’est-à-dire chaque cas de choléra) reçoit la visite d’une équipe CATI à son domicile. L’équipe de recherche de la JHSPH demandera les listes aux établissements de santé [qui pourront être complétées par l’équipe de recherche] afin d’évaluer la couverture des interventions CATI.
• Enquête de suivi : l’enquête de suivi auprès des ménages sera menée environ 14 jours après la présentation du cas suspect de choléra dans un centre de traitement du choléra. La méthode d’échantillonnage exacte dépendra de la densité de logement dans la communauté et de la stratégie de mise en œuvre du CATI. Les enquêtes auprès des ménages porteront sur la réception de l’intervention CATI, la composition des ménages, l’incidence de la diarrhée et la recherche de soins pour la diarrhée parmi les membres du ménage depuis la mise en œuvre du CATI (ou la présentation du cas s’il n’y a pas eu de CATI), les connaissances et les pratiques en matière d’hygiène et l’observation du niveau de chlore libre (FCR) dans l’eau potable stockée.

Le choléra continue de représenter une menace majeure pour la santé publique mondiale et constitue un indicateur d’inégalité et de pauvreté, car il reflète le manque d’accès aux infrastructures de base en matière d’eau et d’assainissement. Le risque de propagation du choléra est particulièrement élevé dans les situations humanitaires et les contextes fragiles.

Le risque de transmission du choléra est plus élevé pour les membres du foyer où un cas de choléra a été détecté et pour les foyers voisins. Les interventions de masse visant à contenir les épidémies de choléra ne sont pas efficaces en termes de ressources.  Les interventions préventives ciblant les ménages touchés par le choléra et leurs voisins se sont avérées efficaces lors des épidémies passées. Ces interventions sont souvent appelées « interventions ciblées dans les zones touchées » (CATIs). Les CATIs comprennent principalement des activités liées à l’eau, à l’assainissement et à l’hygiène (WASH), mais peuvent également inclure la surveillance épidémiologique et des services de santé (cliniques), principalement la vaccination orale et la chimioprophylaxie antibiotique.

Il existe peu d’études sur les meilleures pratiques et l’efficacité des CATI dans les contextes humanitaires. Cette étude vise à identifier les facteurs qui favorisent la mise en œuvre et les interventions optimales de ces CATI pour réduire le choléra dans les contextes humanitaires et les États fragiles. La conception de l’étude est axée sur l’observation des activités CATI des organisations partenaires qui interviennent en cas d’épidémie de choléra dans des contextes humanitaires ou fragiles connus.

Il existe peu de données sur les mécanismes, la composition, les interventions, le calendrier et l’efficacité des CATI dans les contextes humanitaires. La recherche proposée sur les CATI dans les contextes humanitaires se concentrera sur les variations dans la mise en œuvre et le calendrier des CATI, le suivi et l’évaluation, ainsi que la coordination et l’intégration, dans le but d’élargir les données disponibles pouvant être utilisées pour éclairer l’élaboration de directives opérationnelles pour les interventions CATI dans la lutte contre le choléra.

Fardeau

Le choléra, causé par V. cholerae, est une maladie mortelle. Au Bangladesh, le choléra est endémique à certaines saisons, entraînant chaque année une morbidité et une mortalité importantes. V. cholerae est une flore indigène de l’environnement aquatique estuarien. La bactérie présente dans l’environnement se trouve principalement à l’état dormant, non cultivable, mais peut redevenir active et se multiplier pour déclencher des épidémies saisonnières de choléra. Bien que le choléra saisonnier soit dû à des facteurs climatiques naturels, la maladie prend le caractère d’une épidémie en raison de la transmission rapide de V. cholerae par voie fécale-orale, les populations marginalisées dépendant des eaux de surface contaminées pour leur consommation et leurs autres besoins domestiques.

Déficit de connaissances

Nous voulons comprendre la réponse de croissance de V. cholerae, en particulier ce qui déclenche l’activité de la bactérie à partir d’un état dormant non cultivable, et si des éléments disponibles localement et sans coût, tels que les cendres, pourraient tuer la bactérie infectieuse présente dans les selles afin de décontaminer l’environnement ; l’objectif est de développer une méthode durable pour prévenir la transmission du choléra.

Pertinence

Cette étude permettra d’acquérir des connaissances sur les réponses de croissance de V. cholerae et sur une méthode gratuite de décontamination des selles, dans le but de prévenir la transmission du choléra.

Hypothèse

• Les facteurs climatiques et humains contribuent à la croissance active de V. cholerae, responsable du choléra saisonnier, afin de prévenir la transmission du choléra.
• Les cendres de bois pourraient constituer une méthode durable de décontamination des selles afin de prévenir la transmission de V. cholerae.

Objectifs

• Étudier les facteurs environnementaux et humains qui activent V. cholerae, une bactérie naturellement présente et incurable, à l’origine du choléra saisonnier.
• Tester l’efficacité des cendres de bois dans la décontamination de V. cholerae présent dans les selles afin de réduire la transmission du choléra.

Méthodes

Des échantillons d’eau seront prélevés sur quatre sites de Mathbaria, et la température, la turbidité, le pH, la salinité, le total des solides dissous et la conductivité de l’eau seront surveillés toutes les deux semaines pendant les mois de mars à mai et de septembre à novembre, et tous les mois le reste de l’année. Les V. cholerae toxigènes seront isolés (Alam et al. 2006a) et caractérisés en termes de polymorphismes adaptatifs de virulence (VAP) et d’empreintes moléculaires. De plus, des microcosmes de laboratoire seront construits avec deux V. cholerae toxigènes afin de tester la réponse de croissance de la bactérie et le rôle des cyanobactéries (Islam et al., 1990a ; Islam et al., 1990b) et la bile sera surveillée à différentes températures, différents pH, différentes salinités et différentes conductivités. Dans cette étude, l’efficacité de la décontamination des selles diarrhéiques rejetées contenant V. cholerae sera surveillée et comparée à celle de désinfectants disponibles dans le commerce, tels que la poudre de blanchiment.

Mesures/variables des résultats

La réponse de croissance de V. cholerae à différents facteurs climatiques, ainsi que le rôle des cyanobactéries et de la bile dans les microcosmes, constitueraient un résultat à mesurer. La charge de V. cholerae dans les selles cholériques à différentes concentrations et à différents moments du traitement à la cendre de bois constituerait également un résultat à mesurer.

Vibrio cholerae échappe souvent aux méthodes de culture lorsqu’il est à l’état dormant et non cultivable dans le milieu aquatique, bien qu’il puisse se développer activement et provoquer des épidémies saisonnières de choléra. Nous avons conçu cette étude afin de mettre en évidence les conditions climatiques et/ou les substances naturelles sans coût qui pourraient stimuler la croissance de la bactérie, dans le but de contribuer à la prévention des maladies dans les zones endémiques.

Vibrio cholerae est une bactérie aquatique qui passe la période interépidémique dans un état dormant et non cultivable. Les facteurs climatiques ou naturels bien définis qui déterminent les réponses de croissance de la bactérie pourraient contribuer à la prévention des maladies dans les zones endémiques.