Projets de recherche : Exportation

Ce projet évaluera les réponses vibriocides après l’administration du vaccin oral contre le choléra (Shanchol) lorsque la deuxième dose est administrée soit deux semaines, soit six mois après la première dose. Le critère d’évaluation principal est la variation de la moyenne géométrique des titres vibriocides deux semaines après la deuxième dose, mais des échantillons de sérum supplémentaires seront prélevés afin de déterminer la longévité de l’augmentation des titres.

La garantie d’une réponse vibriocide non inférieure lorsque la deuxième dose de VCO est retardée fournira des indications sur le moment opportun pour administrer la deuxième dose.

Ce projet comparera les titres vibriocides chez des sujets qui reçoivent une deuxième dose de vaccin oral contre le choléra (Shanchol) deux semaines, six mois ou onze mois et demi après la première dose. Le critère d’évaluation principal est la moyenne géométrique du titre vibriocide deux semaines après la deuxième dose. Des échantillons de sérum supplémentaires prélevés lors du suivi permettront de déterminer la persistance des titres vibriocides.

Cela fournira des conseils lorsque la deuxième dose de VCO est retardée.

Depuis plus de dix ans, nous cherchons la meilleure façon de développer des outils d’aide à la décision pour les cliniciens qui traitent les maladies diarrhéiques. Cela est important car il est nécessaire de former rapidement un grand nombre de prestataires lors des épidémies de choléra, de les rééduquer rapidement lorsque les directives changent, de lutter contre l’utilisation inappropriée des antibiotiques et de tenir compte des différences épidémiologiques selon les saisons et les lieux. Nous avons créé des outils sous forme papier et numérique, et évalué leur impact dans le cadre d’essais cliniques. Aujourd’hui, nous développons en collaboration des outils numériques qui s’appuient sur des modèles élaborés grâce à l’apprentissage automatique. Dans le cadre d’une vaste collaboration internationale, nous avons mis au point et évalué des algorithmes améliorés pour évaluer la déshydratation chez les enfants et les adultes (projet dirigé par A. Levine à l’université Brown) et fournir une probabilité qu’un patient ne souffre que d’une maladie virale sur la base de données météorologiques, cliniques et épidémiologiques en temps réel (projet dirigé par D. Leung à l’université de l’Utah). En plus de contribuer à améliorer la réponse au choléra, ces outils représentent un changement significatif dans la manière dont l’aide à la décision clinique pourrait être envisagée dans 10 ans.

Cette recherche a pour premier impact d’améliorer le respect des directives en matière de réhydratation et d’antibiothérapie. Son deuxième impact est de permettre une aide à la décision dynamique qui tient compte du lieu et du moment où le patient est traité.

Dans le cadre de ce projet, nous travaillons à la réalisation d’une revue systématique (en stratifiant les données WASH sur le choléra par contexte) et à la constitution d’un groupe de travail chargé d’informer les composantes WASH de l’élaboration du Plan national de lutte contre le choléra.

Le projet vise à éclairer l’élaboration du plan national de lutte contre le choléra.

L’objectif de cette étude est de tester la sécurité et l’immunogénicité du HaitiV, un nouveau vaccin vivant atténué contre le choléra. Les données précliniques suggèrent que le HaitiV peut offrir une protection rapide (en moins d’une journée), à dose unique et de longue durée contre le choléra. Les principaux objectifs de l’étude sont les suivants : 1) créer un lot GMP d’HaitiV destiné à être utilisé dans des études chez l’homme et développer et approuver une demande de nouveau médicament expérimental parrainée par un chercheur afin de mener un premier essai de phase I chez l’homme avec HaitiV ; 2) déterminer la dose maximale tolérée et le profil de sécurité d’HaitiV ; et 3) identifier la dose d’HaitiV la plus immunogène. Ces études fourniront les données essentielles nécessaires au développement futur de ce vaccin, y compris des études de provocation chez l’homme et des essais sur le terrain dans les régions où le choléra est endémique.

Le choléra reste un défi majeur pour la santé publique mondiale. Les vaccins inactivés contre le choléra se sont révélés prometteurs pour lutter contre cette maladie, mais ils présentent certaines limites, notamment une efficacité minimale chez les enfants et un délai avant l’apparition de la protection. Contrairement aux vaccins inactivés, HaitiV, notre nouveau vaccin vivant atténué hautement sophistiqué contre le choléra, exploite la capacité inhabituelle de l’agent pathogène du choléra à se répliquer et à coloniser l’intestin grêle humain. Nos études précliniques sur des modèles animaux ont montré que l’administration de ce vaccin vivant confère une protection rapide aux animaux avant de déclencher des réponses immunitaires protectrices contre une gamme d’antigènes de Vibrio cholerae. Une protection aussi rapide pourrait avoir un impact majeur sur les campagnes de vaccination réactives contre le choléra, en limitant la propagation de l’épidémie. Le vaccin est également très prometteur pour offrir une protection durable à dose unique chez les enfants comme chez les adultes. Ainsi, la réalisation du premier essai clinique proposé sur l’homme avec HaitiV pourrait accélérer le développement d’un nouvel outil révolutionnaire pour la lutte mondiale contre le choléra.

Cette étude fournira des données essentielles sur un nouvel agent destiné à lutter contre le choléra.

Le choléra est une maladie diarrhéique aiguë aqueuse qui peut entraîner une déshydratation sévère et la mort en moins de 16 heures. Il constitue un problème majeur de santé publique en Asie, en Afrique et en Amérique latine. À l’échelle mondiale, on estime que 1,3 à 4 millions de cas et 21 000 à 143 000 décès surviennent chaque année en raison du choléra¹. Un diagnostic précis et précoce du choléra, dès le début d’une épidémie, est essentiel pour réduire la morbidité et la mortalité.

Les tests de diagnostic rapide (TDR) ont le potentiel de fournir des résultats objectifs immédiats au début des flambées épidémiques, notamment dans des contextes dépourvus de laboratoires de microbiologie conventionnels. Plusieurs TDR basés sur des immunoessais à flux latéral sont disponibles dans le commerce et ciblent des antigènes spécifiques de Vibrio cholerae O1 et/ou O139. Toutefois, les performances de ces TDR sont imprévisibles pour des raisons encore mal comprises, ce qui a limité leur adoption. Nous nous intéressons particulièrement au TDR largement utilisé commercialisé sous le nom de Crystal VC (Span Diagnostics, Inde), développé par l’Institut Pasteur.

Bien que les limites des TDR actuels puissent inclure des problèmes liés à la production ou à l’opérateur, il existe plusieurs raisons biologiques expliquant leur défaillance lors du déploiement sur le terrain. L’une des explications est que la concentration de Vibrio cholerae peut chuter en dessous du seuil de détection lorsque la bactérie est prédatée par des virus appelés vibriophages lytiques. Cette prédation est dynamique et dépend du rapport prédateur/proie. Nous avons montré que le vibriophage (ICP1) a un impact négatif sur les performances des TDR (voir la section des données préliminaires).

Notre principale question de recherche est de savoir si l’intégration d’anticorps capables de détecter à la fois V. cholerae et les vibriophages lytiques dans un test de diagnostic rapide permettrait de surmonter les limites des TDR actuellement utilisés lorsque les patients atteints de choléra hébergent des vibriophages lytiques. Ce TDR innovant pourrait constituer un modèle pour le développement d’outils diagnostiques pour les maladies infectieuses entériques et non entériques. Afin de développer ce TDR et de répondre à cette question, nous proposons les objectifs spécifiques suivants :

Objectif spécifique 1

Identifier les protéines structurales et non structurales des vibriophages lytiques qui sont antigéniquement uniques dans les selles diarrhéiques. Nous émettons l’hypothèse que les vibriophages lytiques expriment des protéines structurales et non structurales antigéniquement uniques. Ces protéines pourront être utilisées pour générer des anticorps monoclonaux (AcM) qui seront ensuite intégrés dans un TDR amélioré.

Nous adopterons deux approches pour identifier des protéines immunogènes uniques des vibriophages, avec un accent particulier sur ICP1, car il s’est avéré être le plus fréquemment détecté dans plusieurs régions.

1.1

Vaccinologie inverse par analyse génomique, clonage, expression et évaluation de l’immunogénicité

1.2

Analyse protéomique des protéines immunogènes séparées par électrophorèse bidimensionnelle (2D) et identifiées par MALDI-TOF

Objectif spécifique 2

Produire des anticorps monoclonaux (AcM) dirigés contre des protéines uniques de vibriophages lytiques. Les protéines de vibriophages identifiées dans l’objectif 1 seront utilisées pour produire des AcM en utilisant à la fois les techniques d’hybridomes et d’ascite in vivo.

2.1

Immuniser un modèle animal avec les protéines de vibriophages et cribler les clones d’hybridomes producteurs d’anticorps

2.2

Multiplier in vivo les cellules d’hybridomes sélectionnées par la méthode d’ascite pour la production et la purification par affinité des AcM

Objectif spécifique 3

Produire, tester et sélectionner des TDR candidats présentant les meilleures performances. Les anticorps monoclonaux produits par la technologie des hybridomes seront utilisés pour développer un test à flux latéral basé sur un immunoessai ; ce test inclura l’AcM commercial existant (ou équivalent) dirigé contre le LPS de V. cholerae O1. Plusieurs TDR utilisant différents AcM candidats seront évalués.

3.1

Conjuguer l’or colloïdal aux AcM et assembler la bandelette à flux latéral

3.2

Évaluer les performances des TDR par comparaison avec des TDR commerciaux à l’aide d’une collection d’échantillons cliniques

Il est probable que les tests de diagnostic rapide (TDR) pour le choléra échouent par intermittence parce que les vibriophages lytiques détruisent la cible Vibrio cholerae. Dans cette proposition, nous ajoutons un anticorps au vibriophage lytique (ICP1) au TDR. L’objectif est que la détection du vibriophage puisse servir de substitut au Vibrio cholerae et, par conséquent, augmenter la sensibilité du TDR en présence de vibriophages.

Ce test de diagnostic rapide révisé répondra aux préoccupations relatives à la sensibilité et aux performances intermittentes des tests de diagnostic rapide actuels en présence de vibriophages lytiques. Ce nouveau test de diagnostic rapide ne remédiera pas aux limites liées à la présence d’antibiotiques. Par conséquent, les rapports des patients sur leur consommation d’antibiotiques devront être pris en compte lors de l’évaluation des résultats du test de diagnostic rapide, même avec le nouveau test.

Le Bangladesh demeure un pays endémique pour le choléra, avec des flambées biannuelles et des épidémies supplémentaires observées lors des inondations, des cyclones ou de toute autre catastrophe naturelle [1, 2]. La maladie touche toutes les tranches d’âge, mais la majorité des décès surviennent chez les enfants [3–6]. Ainsi, la vaccination contre le choléra reste une composante essentielle de santé publique pour la prévention et le contrôle de la maladie [6].

Un problème majeur susceptible de freiner ces efforts est la pénurie mondiale de vaccins anticholériques oraux (VCO), dont seulement 2 à 3 millions de doses sont produites chaque année. Au Bangladesh, on estime à 170 millions le nombre de doses nécessaires sur une période de cinq ans, même en ciblant uniquement les populations à haut risque. À l’échelle mondiale, pour le reste de l’Asie, l’Afrique ainsi que pour Haïti, des millions de doses supplémentaires sont nécessaires pour le contrôle du choléra endémique et épidémique. La demande mondiale en vaccins est donc très élevée.

La bonne nouvelle est qu’il existe désormais une possibilité de production locale de plus de 50 millions de doses au Bangladesh. Compte tenu de cette perspective, une planification de la prévention du choléra par l’utilisation du VCO pourrait permettre de réduire significativement le fardeau de la maladie dans le pays.

Lacune dans les connaissances

Des données supplémentaires sont nécessaires pour lever les incertitudes concernant le fardeau réel du choléra, ainsi que l’impact, la faisabilité et le rapport coût-efficacité des différentes stratégies de vaccination contre le choléra, afin d’enrichir les connaissances existantes. Il est également reconnu qu’il existe un besoin particulier de preuves issues du terrain concernant ces caractéristiques vaccinales dans les contextes d’endémie cholérique, qui représentent une très grande part du fardeau mondial de la maladie [7].

Il est par ailleurs crucial d’identifier des mécanismes de financement pour l’introduction de la vaccination contre le choléra. L’ensemble de ces efforts devrait contribuer à réduire le fardeau du choléra, qui représente à la fois une charge sanitaire et financière importante pour le pays. Des études ont montré que le coût de l’hospitalisation et de la maladie pour le patient et sa famille est environ dix fois plus élevé que le coût du vaccin [8, 9].

Une surveillance nationale à grande échelle est nécessaire afin d’identifier précisément le fardeau de la maladie dans le pays, et ainsi de planifier des mesures de traitement et de prévention appropriées.

Pertinence

Le Bangladesh doit élaborer des stratégies pour l’introduction d’un vaccin anticholérique oral produit localement. Il est donc nécessaire de disposer d’informations claires provenant des parties prenantes nationales sur la stratégie d’investissement contre le choléra au Bangladesh, sur lesquelles pourront s’appuyer les plans futurs.

En outre, des informations sont nécessaires concernant les stratégies de vaccination et les zones devant être couvertes. Avec la disponibilité d’un vaccin produit localement au Bangladesh, des plans de financement et l’identification de bailleurs de fonds seront indispensables pour concrétiser les programmes de vaccination par VCO.

Objectifs

Les objectifs de cette proposition sont les suivants :

Élaborer un plan (incluant la surveillance des zones à haut risque) et identifier des stratégies pour l’introduction du VCO au Bangladesh, en développant un dossier d’investissement contre le choléra fondé sur la situation actuelle.

Identifier un plan de financement pour l’introduction à court terme du vaccin produit localement au Bangladesh.

Méthodes

Nous mettrons à jour l’étude actuelle sur le dossier d’investissement relatif à la vaccination contre le choléra au Bangladesh, précédemment préparée par l’International Vaccine Institute (IVI) en 2009. Cette mise à jour fournira un guide fondé sur des données probantes, utile aux décideurs politiques du Bangladesh pour la prise de décisions concernant l’utilisation du VCO, ainsi qu’à la communauté mondiale de la santé pour l’examen d’un soutien technique et financier à l’introduction du vaccin anticholérique.

Les informations concernant les populations et les zones à vacciner seront également recueillies grâce à la mise en place d’une surveillance nationale du choléra à l’échelle du Bangladesh. Cette surveillance sera conduite dans différents hôpitaux et collèges médicaux publics et privés, situés dans des zones déjà connues pour leur forte charge de maladies diarrhéiques.

Le Bangladesh reste un pays où le choléra est endémique, avec des épidémies biannuelles et des épidémies supplémentaires lors des inondations, des cyclones ou de toute autre catastrophe naturelle. Il touche toutes les tranches d’âge, la majorité des cas mortels concernant des enfants. Par conséquent, la vaccination contre le choléra reste un élément important de la santé publique dans la prévention et le contrôle de la maladie. Au Bangladesh seulement, nous prévoyons que 170 millions de doses seront nécessaires sur une période de cinq ans si seules les populations à haut risque sont ciblées. La demande mondiale pour ce vaccin est élevée, mais la bonne nouvelle est qu’il est désormais possible de produire localement plus de 50 millions de doses au Bangladesh. Dans cette perspective, la planification de la prévention du choléra à l’aide du VCO pourrait permettre de réduire le fardeau de la maladie au Bangladesh.

Le Bangladesh doit élaborer des stratégies pour l’introduction d’un vaccin oral contre le choléra produit localement dans le pays. Il est donc nécessaire que les parties prenantes nationales fournissent des informations claires sur la stratégie d’investissement dans la lutte contre le choléra au Bangladesh, afin de pouvoir établir des plans pour l’avenir. En outre, des informations sont nécessaires sur les stratégies de vaccination et les zones qui doivent être couvertes. Avec la disponibilité d’un vaccin produit localement au Bangladesh, des plans de financement et des bailleurs de fonds seront nécessaires pour concrétiser les plans de vaccination des populations avec le VCO.

Par conséquent, les objectifs de la présente étude sont les suivants :

• Élaborer un plan (incluant la surveillance des zones à haut risque) et définir des stratégies pour l’introduction du vaccin OCV au Bangladesh en développant un dossier d’investissement contre le choléra basé sur le scénario actuel.
• Définir un plan de financement pour l’introduction à court terme du vaccin produit localement au Bangladesh.

Différentes données seront utilisées pour élaborer et recommander jusqu’à trois stratégies optimales pour l’introduction du vaccin oral contre le choléra (OCV), en tenant compte de la demande en vaccins, du budget et de l’impact sur la santé. Pour cette recommandation, nous communiquerons avec différents niveaux du gouvernement du Bangladesh (GoB) et d’autres parties prenantes internes et externes afin de leur présenter notre stratégie préférée et réalisable pour l’introduction du vaccin.

Dans le cadre de ce projet, nous avons :

• mené trois évaluations multinationales à méthodes mixtes sur le transport de l’eau par camion dans le cadre d’interventions humanitaires ;
• développé des méthodes et mené des études en laboratoire à grande et petite échelle sur la manière de nettoyer les jerricans, les conteneurs et les robinets (réservoirs de stockage d’eau) afin d’empêcher le développement de biofilms ou de les éliminer ;
• élaboré un protocole visant à déterminer la pastille de chlore la plus appropriée pour un contexte d’urgence particulier.

Le projet a fourni des informations clés sur l’efficacité, l’efficience et des conseils pour la chloration à l’aide de seaux, le transport de l’eau par camion-citerne, le nettoyage des jerricans et le choix des pastilles de chlore.

Les épidémies de choléra causées par Vibrio cholerae sont endémiques au Kenya et dans la région de l’Afrique de l’Est, représentant près de 10 % de tous les cas signalés en Afrique subsaharienne, et les taux de létalité restent supérieurs à 2,5 %, ce qui est inacceptable. Le choléra se propage par la consommation d’eau ou d’aliments contaminés par des matières fécales. Il est important d’étudier la relation entre la survenue du choléra en termes de foyers dominants et divers facteurs environnementaux et humains associés à ces foyers afin de gérer les cas et de prévenir de futures épidémies. Si diverses études ont recommandé des interventions WASH (eau, assainissement et hygiène) comme stratégie de lutte contre le choléra, les voies d’intervention critiques qui ont l’impact le plus significatif sur la santé publique ne sont pas connues.

La recherche actuelle vise à étudier les foyers identifiés lors d’épidémies précédentes et d’épidémies en cours au Kenya à l’aide de la technologie des drones afin de cartographier les zones nécessitant un échantillonnage immédiat, les risques d’exposition et les voies de transmission les plus critiques à surveiller. À l’aide des techniques SANIPATH pour identifier les facteurs environnementaux et humains critiques associés aux foyers épidémiques, nous déployons des techniques novatrices, notamment le séquençage du génome entier (WGS) et la bio-informatique, en partenariat avec les agences gouvernementales concernées qui mettront en œuvre nos techniques de détection et de suivi rapides de ces foyers épidémiques afin d’établir de manière innovante des mesures préventives contre l’émergence et la propagation de l’infection. L’analyse des données sera effectuée à l’aide de statistiques descriptives de base (pourcentages, moyennes, écarts-types, modes) et de la dernière version de la suite logicielle SAS (SAS Institute Inc.). L’approbation éthique a été demandée à l’Unité d’évaluation éthique scientifique (SERU) de l’Institut de recherche médicale du Kenya.

Le choléra est une maladie causée et propagée par des germes que l’on contracte en consommant des aliments ou de l’eau contaminés.

Nous enquêtons sur les zones des bidonvilles de Mukuru susceptibles d’abriter une forte concentration de ces germes, par exemple les égouts, les canalisations à ciel ouvert, les fermes et les chaînes d’approvisionnement en eau, etc. Nous utilisons des technologies d’imagerie satellite pour cartographier les zones à haut risque de choléra, puis nous prélevons des échantillons afin d’étudier la présence de ces germes dans le laboratoire du KEMRI. Cela permettra de prendre en charge les personnes atteintes de la maladie et de prévenir sa propagation à l’avenir.

Collaborer avec les gouvernements locaux et les communautés afin de prendre des décisions d’intervention fondées sur des données probantes, et concevoir et mettre en œuvre conjointement des campagnes WASH et/ou OCV adaptées au contexte local ; et

Renforcer les capacités des institutions universitaires régionales et des ministères de la santé en matière de recherche appliquée en santé publique afin de renforcer les programmes de prévention et de contrôle du choléra.

Dans le cadre de ce projet, nous avons :

• analysé les données de surveillance recueillies par nos partenaires au Nigeria pendant l’épidémie de choléra ;
• mené des entretiens avec des informateurs clés chargés de la collecte et de la saisie des données ;
• proposé des améliorations aux outils de surveillance et à la plateforme Kobo.

Le projet visait à aider à la surveillance du choléra au Nigeria.

Le choléra reste un problème de santé mondial persistant qui peut être contrôlé grâce à un approvisionnement en eau et à un assainissement adéquats, ainsi qu’à la vaccination orale contre le choléra. Notre projet vise à soutenir le ciblage géographique des interventions de lutte contre le choléra avec quatre objectifs clés :

• la maintenance d’une base de données mondiale sur la surveillance du choléra qui peut être utilisée par les pays et les parties prenantes du GTFCC pour accéder à des sources de données centralisées et comprendre l’épidémiologie du choléra au niveau national et régional ;
• développement d’un pipeline de cartographie statistique, qui produit des cartes mondiales haute résolution de la charge du choléra ;
• fourniture d’un soutien technique en matière d’épidémiologie et de modélisation aux pays et aux ONG dans la lutte contre le choléra ;
• participation aux groupes de travail du GTFCC afin d’élaborer des orientations fondées sur des données probantes concernant la surveillance et l’élimination du choléra, le ciblage des campagnes de vaccination orale contre le choléra et l’identification des zones à forte charge de choléra.

Ce projet soutient les efforts visant à cartographier le fardeau mondial du choléra grâce à la maintenance d’une base de données mondiale sur l’incidence et la mortalité liées au choléra et au développement de méthodes de modélisation statistique permettant de produire des cartes haute résolution du fardeau du choléra. L’équipe chargée de l’étude s’efforce de mettre au point une interface web conviviale pour la base de données sur le choléra afin de permettre aux pays et aux parties prenantes du GTFCC d’accéder à des sources de données centralisées. Les cartes de la charge mondiale servent de base à de nombreuses activités de planification et d’intervention ciblées, telles que les prévisions stratégiques de la demande de vaccins contre le choléra et l’identification des zones sensibles.

Pour cibler efficacement les campagnes de vaccination orale contre le choléra et les interventions WASH visant à lutter contre cette maladie, il est nécessaire de connaître les régions du monde les plus touchées. La base de données mondiale sur le choléra et les efforts de cartographie résultant de ce projet aident les pays et les parties prenantes du GTFCC à caractériser l’épidémiologie du choléra et à cibler leurs efforts de lutte contre cette maladie.

Fardeau

Le choléra est une maladie mortelle qui provoque environ 3 à 5 millions de cas et plus de 100 000 décès chaque année dans le monde. Sur les 1,3 milliard de personnes exposées au risque à l’échelle mondiale, 66 millions se trouvent au Bangladesh, ce qui représente environ 40 % de la population bangladaise. De plus, les mouvements de populations réfugiées accroissent le risque lié à cette maladie.

Le Bangladesh figure parmi les pays les moins avancés (PMA) bénéficiaires de l’aide publique au développement (APD) et, avec l’Inde, possède la plus grande population exposée au risque de choléra. Le diagnostic rapide et la détection précoce des flambées épidémiques sont des éléments clés dans la lutte contre le choléra. Par ailleurs, l’utilisation indiscriminée d’antibiotiques à large spectre constitue une menace supplémentaire en favorisant la résistance antibactérienne (RAB) au sein des populations de Vibrio cholerae.

Lacune dans les connaissances

Les tests microbiologiques sont coûteux en ressources, et la détection des flambées repose le plus souvent sur des signalements peu fiables de cas de diarrhée de type cholérique provenant des hôpitaux locaux. Des avancées en matière de diagnostic, de choix thérapeutiques et de suivi des flambées épidémiques sont indispensables pour progresser vers l’élimination du choléra en tant que menace pour la santé publique d’ici 2030, objectif récemment proclamé par la Task Force mondiale de lutte contre le choléra soutenue par l’OMS.

Pertinence

L’agrégation d’informations cliniques, environnementales et sociétales géolocalisées, collectées pour le développement de systèmes de diagnostic et de prédiction précoce, ainsi que les données supplémentaires recueillies en continu lors du déploiement et de l’exploitation de ces systèmes, constituera une base de données inestimable. Celle-ci pourra être partagée dans le cadre de projets ultérieurs et collaboratifs, et à terme entre différents pays.

Hypothèse

Des avancées significatives dans la compréhension des dynamiques de transmission de Vibrio cholerae résistant aux antimicrobiens au Bangladesh peuvent être obtenues grâce à l’exploitation de données massives et à l’apprentissage automatique, permettant une meilleure prise de décision au niveau des communautés locales afin d’améliorer le diagnostic et le traitement du choléra.

Objectifs

Les objectifs spécifiques de ce projet sont les suivants :

• Développer une solution de diagnostic portable et en temps réel pour les infections cholériques causées par Vibrio cholerae résistant aux antimicrobiens
• Développer un système de surveillance permettant d’identifier les zones à haut risque de flambée épidémique
• Développer une base de données partageable

Méthodes

Des échantillons seront collectés à l’hôpital de Dhaka, au complexe de santé de Mathbaria Thana, à l’hôpital de Cox’s Bazar et dans les camps de réfugiés rohingyas. Immédiatement après la collecte, les échantillons seront soumis à des tests de diagnostic rapide (TDR).

Si un échantillon est positif pour V. cholerae O1 ou O139, un aliquot sera conservé à −80 °C dans les congélateurs de l’icddr,b pour une utilisation ultérieure, et un autre aliquot sera transféré à la North South University (NSU), Bangladesh, pour des analyses complémentaires (Alam et al. 2006a).

Des échantillons d’eau seront également collectés sur six sites pour chacun des lieux suivants : la ville de Dhaka, Mathbaria et Cox’s Bazar. Les souches toxigènes de V. cholerae seront isolées à partir des échantillons de selles et d’eau selon des méthodes de culture standard, puis caractérisées en termes de résistance aux antibiotiques (Alam et al. 2006b, c). Les deux types d’échantillons seront soumis au séquençage du génome par technologie Nanopore.

Mesures de résultats / variables

Grâce à cette collaboration, le présent projet réunit des expertises complémentaires au service de la santé publique. Il permettra la mise en place d’un programme de recherche multidisciplinaire indispensable pour le diagnostic du choléra par séquençage génomique Nanopore, la sélection des traitements, ainsi que la prévision épidémiologique des infections et de la résistance antibactérienne. À terme, ce programme contribuera à l’amélioration de la santé, du bien-être et de la croissance économique du Bangladesh.

L’exploration de données et l’apprentissage automatique semblent offrir une meilleure résolution pour améliorer la précision du diagnostic d’un agent pathogène. Le dispositif portable de séquençage nanopore en temps réel pourrait fournir une solution diagnostique sur le terrain. Nous avons conçu cette étude d’exploration de mégadonnées et d’apprentissage automatique afin d’améliorer le diagnostic et le choix du traitement de l’infection cholérique causée par V. cholerae résistant aux antimicrobiens

Une solution portable de diagnostic en temps réel pour les infections cholériques causées par des souches de V. cholerae résistantes aux antimicrobiens, utilisant l’exploration de mégadonnées et l’apprentissage automatique afin d’améliorer le diagnostic et le choix du traitement.

Fardeau

La diarrhée est la deuxième cause principale de décès chez les enfants de moins de cinq ans dans le monde, avec environ 800 000 décès estimés chaque année. En moyenne, un enfant au Bangladesh souffre de 3 à 5 épisodes de diarrhée par an. Les enfants atteints de diarrhées fréquentes et récurrentes souffrent de dénutrition (émaciation), ce qui conduit finalement à une malnutrition sévère et à un retard de croissance. Une fois le retard de croissance installé, ses effets deviennent généralement permanents, et les enfants peuvent ne jamais récupérer la taille perdue à cause de ce retard.

Des études antérieures ont identifié plusieurs facteurs de risque importants des maladies diarrhéiques dans les populations pédiatriques, notamment l’absence de lavage des mains au savon par les soignants et de traitement de l’eau potable au niveau du ménage, de mauvaises pratiques de stockage de l’eau, ainsi qu’un manque de connaissances des soignants sur la prévention de la diarrhée.

Les interventions en eau, assainissement et hygiène (WASH) promouvant la chloration domestique de l’eau potable et le lavage des mains au savon ont le potentiel de réduire l’incidence des maladies diarrhéiques chez les enfants de moins de cinq ans de 30 à 40 %. Toutefois, les interventions WASH communautaires sont coûteuses et souvent difficiles à mettre en œuvre dans les contextes urbains à faibles ressources.

Notre équipe a récemment développé une intervention WASH en milieu hospitalier intitulée CHoBI7 (Intervention hospitalière contre le choléra sur 7 jours). L’intervention CHoBI7 a été initialement conçue pour réduire les infections à choléra parmi les membres des familles de patients hospitalisés pour choléra pendant la période à haut risque d’une semaine suivant la consultation à l’hôpital. Cette intervention WASH hospitalière à faible coût a entraîné une réduction significative de l’incidence du choléra symptomatique, ainsi qu’une réduction de 47 % de l’incidence de l’infection cholérique parmi les membres des ménages des patients hospitalisés pour choléra. De plus, nous avons observé une adoption durable des comportements promus de lavage des mains au savon et de traitement de l’eau, 6 à 12 mois après la mise en œuvre de l’intervention.

Lacune dans les connaissances

Malgré le succès de notre récente étude hospitalière, nous ne savons toujours pas si l’ensemble des procédures impliquées peut être intégré aux services fournis aux patients hospitalisés pour diarrhée dans les établissements de santé du Bangladesh, ni si les comportements promus de lavage des mains au savon et de traitement de l’eau peuvent devenir des pratiques durables à long terme au sein des communautés.

Hypothèse

Sur la base des enseignements tirés de notre récente étude d’intervention WASH en milieu hospitalier intitulée « Cholera Hospital-Based Intervention for 7 days » (CHoBI7), nous émettons l’hypothèse que le développement et l’évaluation d’approches évolutives pourraient permettre d’intégrer cette intervention innovante et peu coûteuse dans les services fournis aux patients hospitalisés pour diarrhée dans les établissements de santé du Bangladesh.

Nous formulons également l’hypothèse que l’évaluation de la capacité de l’intervention CHoBI7 à entraîner une adoption durable des comportements promus de lavage des mains au savon et de traitement de l’eau pourrait réduire le fardeau des maladies diarrhéiques au fil du temps.

Objectif 1

Développer des approches évolutives pour intégrer l’intervention CHoBI7 dans les établissements de santé urbains, à travers des recherches formatives et l’engagement des principales parties prenantes.

Objectif 2

Étudier l’efficacité des approches évolutives développées pour la mise en œuvre programmatique de CHoBI7 en termes de :

1. réduction de la prévalence des maladies diarrhéiques au cours des 12 mois suivant l’administration de l’intervention au patient index atteint de diarrhée dans l’établissement de santé ;

2. maintien d’un niveau élevé d’adoption des pratiques de lavage des mains au savon et de traitement de l’eau à 1 semaine, 1 mois, 3 mois, 6 mois, 9 mois et 12 mois après l’intervention.

Objectif 3

Calculer le rapport coût-efficacité de l’extension à grande échelle de l’intervention CHoBI7, en termes de coût par année de vie ajustée sur l’incapacité (DALY) évitée, ainsi que de cas et de décès évités pour le choléra et les épisodes de diarrhée modérée à sévère.

Objectif 4

Étudier la faisabilité de la mise en œuvre des approches proposées à faible coût pour la délivrance programmatique de CHoBI7 dans le cadre du Programme national des maladies émergentes et réémergentes, à travers l’identification des obstacles potentiels à une mise en œuvre réussie et l’engagement des principales parties prenantes gouvernementales.

Objectif 5

Diffuser les résultats des activités de mise en œuvre et d’évaluation de l’intervention CHoBI7, ainsi que ceux de notre récent essai d’efficacité de CHoBI7, aux niveaux des ménages, des établissements de santé, ainsi qu’aux niveaux national et local des gouvernements, par la création d’un site web, l’organisation d’ateliers de planification politique avec les dirigeants gouvernementaux, l’élaboration de notes d’orientation politique, la publication des résultats dans des revues scientifiques à comité de lecture et des présentations lors de conférences scientifiques internationales.

Méthodes

Les patients atteints de diarrhée admis à l’hôpital icddr,b de Dhaka ou à l’hôpital général de Mugda seront dépistés et inclus selon des critères d’inclusion prédéfinis. Les patients seront recrutés après avoir reçu une solution de réhydratation orale (SRO) ou une réhydratation intraveineuse.

Les membres du ménage accompagnant le patient à l’hôpital et résidant dans le domicile du patient inclus seront également recrutés. Un consentement éclairé écrit sera obtenu auprès des patients et des membres de leur ménage avant l’inclusion.

Un questionnaire de base sera ensuite administré à chaque patient atteint de diarrhée inclus ainsi qu’aux membres du ménage accompagnants (adultes et enfants). Des échantillons de selles seront collectés et des mesures anthropométriques seront réalisées.

Après l’administration du questionnaire de base, les patients index et les membres de leur ménage seront randomisés dans leur bras d’étude respectif (bras contrôle / bras diffusion en établissement de santé / bras diffusion en établissement de santé avec visites à domicile), en fonction du jour de leur arrivée à l’hôpital.

• Le premier bras recevra le message standard délivré aux patients hospitalisés pour diarrhée dans les établissements de santé du Bangladesh concernant l’utilisation de la solution de réhydratation orale (bras contrôle).

• Le deuxième bras recevra le message standard, complété par la diffusion de CHoBI7 en établissement de santé (bras diffusion en établissement de santé uniquement) et des appels téléphoniques ou messages texte de suivi toutes les deux semaines.

• Le troisième bras recevra le message standard, la diffusion de CHoBI7 en établissement de santé, deux visites à domicile (bras diffusion en établissement de santé et visites à domicile) ainsi que des appels téléphoniques ou messages texte de suivi bimensuels.

Les activités de cet essai contrôlé randomisé s’étendront sur une durée de 12 mois pour chaque ménage inclus. Des échantillons de selles seront collectés auprès des membres du ménage à différentes périodes, des échantillons d’eau potable du ménage seront également recueillis, et des observations directes d’une durée de 5 heures seront réalisées.

Mesures de résultats / variables

Développer des stratégies efficaces et peu coûteuses pour la mise en œuvre de CHoBI7 dans les établissements de santé urbains, pouvant être intégrées au Programme national des maladies émergentes et réémergentes.

Contexte

À l’échelle mondiale, le risque de propagation rapide et à grande échelle de petites épidémies de choléra reste important. Plutôt que de s’appuyer sur des approches communautaires à grande échelle, les stratégies de lutte contre le choléra pourraient se concentrer sur la maîtrise proactive des premiers foyers. Les interventions ciblées dans les zones touchées (CATI) reposent sur le principe selon lequel la détection précoce des foyers peut déclencher une réponse rapide et localisée dans le rayon à haut risque autour d’un ou plusieurs foyers afin de réduire suffisamment la transmission pour éteindre l’épidémie ou limiter sa propagation. Les données actuelles confirment l’existence d’une zone spatio-temporelle à haut risque de 100 à 250 mètres autour des foyers touchés pendant 7 jours.

Nous émettons l’hypothèse que l’application rapide des CATI réduira la transmission au sein des ménages et dans un périmètre plus large. Cela se traduira par une incidence réduite dans ce périmètre et une diminution du regroupement des cas. L’approche locale des CATI permettra une recherche active des cas et une mise en œuvre durable des interventions. Cela se traduira par un accès rapide aux soins pour les cas détectés, ainsi qu’une réduction de la mortalité et de la transmission communautaire.

Méthodes

Nous proposons d’évaluer l’efficacité d’une stratégie CATI à l’aide d’une étude observationnelle menée pendant une épidémie aiguë de choléra, avec des mesures clairement définies de l’efficacité de l’ensemble des mesures CATI. En outre, nous avons l’intention d’évaluer la faisabilité, les coûts et le processus de mise en œuvre de cette approche. Le programme CATI mis en place par Médecins Sans Frontières (MSF) comprendra des interventions clés visant à réduire la transmission (notamment des mesures relatives à l’eau, à l’assainissement et à l’hygiène au niveau des ménages, la recherche active des cas, la chimioprophylaxie antibiotique et la vaccination orale contre le choléra à dose unique (OCV)), qui ont pour objectif de réduire rapidement le risque d’infection au sein des ménages et dans le périmètre autour du ménage du cas primaire. MSF décidera du contenu du programme CATI utilisé, du rayon d’intervention et de la stratégie de priorisation appliquée si le nombre de cas dépasse la capacité opérationnelle, en fonction des politiques nationales, du contexte local et des considérations opérationnelles. Dans les scénarios où une vaccination préventive a été récemment menée ou est prévue, le CATI et son évaluation se concentreront sur la mise en œuvre avant et pendant la campagne de masse, ou dans les zones où la couverture vaccinale était insuffisante.

La conception de l’étude repose sur la comparaison des effets des CATI qui offrent une protection rapide pour éviter les générations ultérieures de cas, par rapport aux CATI progressivement retardés. Une analyse de régression sera utilisée pour modéliser l’incidence observée de choléra enrichi positif au TDR en fonction du retard de l’intervention (en jours). Le retard reflétera la force inverse de la réponse rapide. Les groupes, en fonction de leurs retards d’intervention, serviront de contrôles internes.

Les interventions ciblées par zone (CATI) reposent sur le principe selon lequel la détection précoce des clusters peut déclencher une réponse rapide et localisée dans le rayon à haut risque autour d’un ou plusieurs foyers afin de réduire suffisamment la transmission pour éradiquer l’épidémie ou limiter sa propagation.

Nous proposons d’évaluer l’efficacité d’une stratégie CATI à l’aide d’une étude observationnelle menée pendant une épidémie aiguë de choléra, avec des mesures clairement définies de l’efficacité de l’ensemble des mesures CATI. En outre, nous avons l’intention d’évaluer la faisabilité, les coûts et le processus de mise en œuvre de cette approche. Le dispositif CATI mis en place par Médecins Sans Frontières (MSF) intégrera des interventions clés visant à réduire la transmission (notamment des mesures relatives à l’eau, à l’assainissement et à l’hygiène au niveau des ménages, la recherche active des cas, la chimioprophylaxie antibiotique et la vaccination orale contre le choléra à dose unique (OCV)), qui visent à réduire rapidement le risque d’infection dans le ménage et dans le périmètre autour du ménage du cas primaire.

Le CATI a été mis en avant comme un élément majeur du programme de recherche mondial du GTFCC. Par conséquent, mener une évaluation prospective rigoureuse de l’efficacité du CATI, qui inclut l’OCV et explique le cheminement vers l’impact, est une question importante et opportune pour le contrôle des épidémies.

Objectif

Évaluer l’efficacité de l’approche d’intervention ciblée par zone (CATI) dans la réduction de l’incidence des nouveaux cas lors d’épidémies de choléra. Ce faisant, déterminer les facteurs qui favorisent une mise en œuvre et des interventions optimales des CATI en vue de réduire le choléra dans les contextes humanitaires et les États fragiles.

But

L’objectif principal est de caractériser la relation entre le délai d’activation de la CATI (temps écoulé entre la présentation du cas dans un centre de traitement du choléra et le début de l’intervention CATI) et l’incidence du choléra dans la zone couverte par les interventions CATI. Les objectifs secondaires sont les suivants :

• Documenter les procédures de mise en œuvre des CATI et formuler des recommandations afin de maximiser leur impact lors de futures épidémies de choléra.
• Décrire l’intégration des activités liées à l’eau, à l’assainissement et à l’hygiène (WASH) et à la santé mises en œuvre via les CATI.
• Caractériser la relation entre l’exhaustivité des CATI (en termes de couverture dans la zone géographique spécifiée et d’activités mises en œuvre au sein des ménages) et l’incidence des nouveaux cas de choléra.
• Estimer l’efficacité des CATI à l’aide de paramètres secondaires (par exemple, incidence déclarée de la diarrhée, chlore résiduel libre (FCR) dans l’échantillon d’eau potable, et connaissances et pratiques visant à prévenir la transmission du choléra).
• Documenter les mécanismes de coordination entre les ministères, les agences des Nations unies (ONU), les clusters et les organisations non gouvernementales (ONG) et formuler des recommandations pour la coordination des interventions futures.
• Conception de l’étude

La recherche proposée sera menée

La recherche proposée sera menée lors de futures épidémies de choléra survenant dans des contextes humanitaires reconnus dans au moins deux pays différents ; les lieux seront sélectionnés en fonction de l’endroit où les épidémies de choléra se produisent et de la présence d’un partenaire de mise en œuvre du CATI. Les organisations qui mettent fréquemment en œuvre des interventions CATI lors de la lutte contre le choléra et qui ont accepté de s’associer à la JHSPH comprennent Action contre la faim, Solidarités International et Medair. Les pays en situation d’urgence humanitaire qui présentent un risque élevé d’épidémies de choléra sont notamment la République démocratique du Congo, le Nigeria, l’Éthiopie, le Mozambique et le Yémen, mais d’autres contextes humanitaires pourraient servir de lieu de recherche si une épidémie de choléra se déclarait et si l’un des partenaires de mise en œuvre susmentionnés intervenait avec une intervention CATI.

L’IRB de la JHSPH a classé cette étude comme une recherche ne portant pas sur des sujets humains. L’autorisation du gouvernement ou de l’IRB sera obtenue avant la conduite de la recherche.

L’équipe de recherche se rendra sur place dès que possible après la documentation du premier cas de choléra et commencera la collecte de données dès que possible. Si le déplacement vers le lieu de l’étude n’est pas possible pour des raisons de sécurité, l’équipe de recherche de la JHSPH mènera l’étude à distance par l’intermédiaire de l’organisation partenaire qui fournit une réponse CATI sur le terrain à l’épidémie de choléra.

Étant donné que l’objectif de la recherche est d’évaluer les CATI mis en place par les ONG en réponse à une épidémie de choléra, il n’est pas possible de recourir à un plan d’étude randomisé. Nous nous appuierons donc sur des groupes de comparaison qui se formeront naturellement, en fonction de l’ampleur de l’épidémie et des capacités de l’organisation d’intervention. Cela nécessitera une approche d’échantillonnage flexible.

Nous prévoyons que la comparaison principale portera sur la mise en œuvre rapide ou tardive des CATI (par exemple, à la fin de l’épidémie) ; toutefois, il est également possible que des zones où les CATI ne sont pas mises en œuvre soient utilisées comme groupe de comparaison [dans les épidémies où les capacités sont insuffisantes pour répondre à tous les cas]. D’autres points de comparaison peuvent inclure le délai entre la présentation du cas et la mise en œuvre du CATI : par exemple, CATI mis en œuvre dans les 24 heures, dans les 2 jours, dans les 3 jours, dans les 4 jours, etc.

La recherche proposée est une étude observationnelle des interventions mises en œuvre par des ONG en réponse à des épidémies de choléra (c’est-à-dire qu’aucune intervention n’est proposée). L’étude comprendra les éléments suivants :

• Observation de la mise en œuvre du CATI
• Entretiens avec des informateurs clés : 1) membres du personnel des ONG chargés de la mise en œuvre du CATI afin de caractériser les forces et les faiblesses perçues de l’intervention, la sélection des ménages, les processus logistiques et les défis liés à la mise en œuvre ; 2) responsables des interventions humanitaires des ONG partenaires, des agences des Nations unies, des gouvernements nationaux et d’autres organisations engagées dans la lutte contre le choléra afin de déterminer les perceptions de l’intervention, de la coordination et de la mise en œuvre du CATI.
• Listes des établissements de traitement du choléra : les informations issues des listes des établissements de traitement du choléra sont utilisées pour planifier les interventions CATI, dans le cadre desquelles chaque personne figurant sur la liste (c’est-à-dire chaque cas de choléra) reçoit la visite d’une équipe CATI à son domicile. L’équipe de recherche de la JHSPH demandera les listes aux établissements de santé [qui pourront être complétées par l’équipe de recherche] afin d’évaluer la couverture des interventions CATI.
• Enquête de suivi : l’enquête de suivi auprès des ménages sera menée environ 14 jours après la présentation du cas suspect de choléra dans un centre de traitement du choléra. La méthode d’échantillonnage exacte dépendra de la densité de logement dans la communauté et de la stratégie de mise en œuvre du CATI. Les enquêtes auprès des ménages porteront sur la réception de l’intervention CATI, la composition des ménages, l’incidence de la diarrhée et la recherche de soins pour la diarrhée parmi les membres du ménage depuis la mise en œuvre du CATI (ou la présentation du cas s’il n’y a pas eu de CATI), les connaissances et les pratiques en matière d’hygiène et l’observation du niveau de chlore libre (FCR) dans l’eau potable stockée.

Le choléra continue de représenter une menace majeure pour la santé publique mondiale et constitue un indicateur d’inégalité et de pauvreté, car il reflète le manque d’accès aux infrastructures de base en matière d’eau et d’assainissement. Le risque de propagation du choléra est particulièrement élevé dans les situations humanitaires et les contextes fragiles.

Le risque de transmission du choléra est plus élevé pour les membres du foyer où un cas de choléra a été détecté et pour les foyers voisins. Les interventions de masse visant à contenir les épidémies de choléra ne sont pas efficaces en termes de ressources.  Les interventions préventives ciblant les ménages touchés par le choléra et leurs voisins se sont avérées efficaces lors des épidémies passées. Ces interventions sont souvent appelées « interventions ciblées dans les zones touchées » (CATIs). Les CATIs comprennent principalement des activités liées à l’eau, à l’assainissement et à l’hygiène (WASH), mais peuvent également inclure la surveillance épidémiologique et des services de santé (cliniques), principalement la vaccination orale et la chimioprophylaxie antibiotique.

Il existe peu d’études sur les meilleures pratiques et l’efficacité des CATI dans les contextes humanitaires. Cette étude vise à identifier les facteurs qui favorisent la mise en œuvre et les interventions optimales de ces CATI pour réduire le choléra dans les contextes humanitaires et les États fragiles. La conception de l’étude est axée sur l’observation des activités CATI des organisations partenaires qui interviennent en cas d’épidémie de choléra dans des contextes humanitaires ou fragiles connus.

Il existe peu de données sur les mécanismes, la composition, les interventions, le calendrier et l’efficacité des CATI dans les contextes humanitaires. La recherche proposée sur les CATI dans les contextes humanitaires se concentrera sur les variations dans la mise en œuvre et le calendrier des CATI, le suivi et l’évaluation, ainsi que la coordination et l’intégration, dans le but d’élargir les données disponibles pouvant être utilisées pour éclairer l’élaboration de directives opérationnelles pour les interventions CATI dans la lutte contre le choléra.

Notre objectif est d’identifier les meilleures stratégies pour contrôler les épidémies de choléra qui sévissent actuellement en République du Yémen (ROY). Pour ce faire, nous évaluerons les interventions précédentes afin d’éclairer et d’améliorer leur mise en œuvre actuelle et future. Il s’agit notamment de l’utilisation de vaccins anticholériques oraux (VCO), de stratégies d’assainissement et d’hygiène de l’eau (WaSH) et de stratégies de communication sur la diarrhée aqueuse aiguë (DAA) et le choléra.

Comprendre quelles interventions ont été efficaces et lesquelles ne l’ont pas été pour prévenir le choléra au Yémen. Recommander également les interventions qui sont possibles.

Nos conclusions sur ce qui fonctionne et pourquoi (ou ce qui n’a pas fonctionné et pourquoi) aideront les responsables politiques et les décideurs à comprendre les facteurs qui influent sur le succès et les défis des stratégies d’intervention du plan de réponse intégré au choléra pour les programmes à grande échelle. Par conséquent, nous aurions identifié la combinaison optimale d’interventions pour les districts touchés par le choléra/la diarrhée aiguë dans la région ROY.

Dans le cadre de ce projet, nous avons évalué un programme dans lequel des volontaires du Croissant-Rouge ont été affectés à des centres de réhydratation orale (CRO) dans des zones touchées par des conflits. Il a été constaté que les volontaires pouvaient efficacement assurer le fonctionnement des CRO, fournir des solutions de réhydratation orale (SRO) aux cas bénins et orienter les cas modérés/graves vers des structures spécialisées. Cependant, le système de surveillance par téléphone mobile n’a pas été mis en place de manière efficace.

Il est recommandé de continuer à faire appel à des bénévoles pour pourvoir les postes au sein de l’ORP.

Notre projet utilisera des données génomiques et une compréhension approfondie de l’évolution des agents pathogènes afin de fournir un kit de détection robuste, rapide, précis et rentable, destiné à être utilisé sur le terrain. Les méthodes actuelles ne sont pas adaptées à la détection, car elles sont lentes, imprécises et ne peuvent pas être déployées sur le terrain. Nos travaux ont déjà modifié la compréhension fondamentale de la propagation du choléra et permis d’identifier les risques épidémiques élevés et faibles qui constituent les pierres angulaires de la prévention des maladies. En mettant au point des kits d’indicateurs moléculaires robustes adaptés aux conditions de terrain, nous sommes en mesure d’étudier rapidement le comportement probable des souches de choléra et de fournir des données exploitables qui peuvent contribuer directement à relever un défi majeur en matière de santé humaine.

Ce projet contribuera à accélérer la prise de décision dans la lutte contre les épidémies de choléra en indiquant le risque associé au type de choléra détecté.

Contexte

Les épidémies de choléra sont fréquentes dans les pays à faible revenu touchés par des crises humanitaires concomitantes. Les évaluations de ces interventions épidémiques restent largement inédites et il est nécessaire de générer des données probantes sur les efforts déployés afin d’éclairer les programmes futurs. Cette étude des interventions de MSF face à l’épidémie de choléra visait à décrire les principales caractéristiques des épidémies de choléra et des interventions connexes dans ces trois pays, à identifier les défis liés à l’efficacité et à la faisabilité des différentes stratégies d’intervention sur la base des données disponibles, et à formuler des recommandations pour les pratiques et les politiques de prévention et de contrôle des épidémies.

Méthodes

Des études de cas provenant de la République démocratique du Congo, du Malawi et du Mozambique ont été sélectionnées à dessein par MSF pour cette analyse en raison du fardeau documenté du choléra dans chacun de ces pays, de la fréquence des épidémies de choléra et du risque de crises humanitaires concomitantes. Des données ont été extraites sur les caractéristiques des épidémies, le délai entre l’alerte et la réponse, et la mise en œuvre des interventions en matière de santé et d’eau, d’assainissement et d’hygiène (WASH). Une théorie du changement pour les programmes de réponse au choléra a été élaborée afin d’évaluer les facteurs qui ont influé sur la mise en œuvre des interventions.

Résultats et conclusions

Au total, 20 rapports sur les interventions épidémiques ont été identifiés, dont 15 en RDC, un au Malawi et quatre au Mozambique. Tous ces contextes ont connu des crises humanitaires concomitantes, qu’il s’agisse de conflits armés ou de catastrophes naturelles. Dans les trois pays, le délai médian entre la date de l’alerte et la date du début de l’intervention par MSF était de 23 jours (IQR 14-41). Presque toutes les interventions ont ciblé l’ensemble de la communauté et toutes ont mis en place un traitement hospitalier des cas suspects de choléra dans des établissements de santé existants ou dans des unités temporaires de traitement du choléra (CTU). Dans trois cas, les interventions ont été menées sous forme d’interventions ciblées dans la zone touchée (CATI) et dans quatre cas, elles ont ciblé les ménages des cas suspects de choléra admis à l’hôpital. Les CATI ou les interventions auprès des ménages des cas suspects admis à l’hôpital n’ont eu lieu qu’à partir de 2017. Au total, 74 facteurs affectant la mise en œuvre ont été identifiés dans les différents rapports, notamment des retards dans la livraison des fournitures, des quantités insuffisantes de matériel pour une mise en œuvre efficace du programme et une coordination limitée ou inexistante avec les autorités locales ou d’autres agences. Sur la base de cet examen, les recommandations suivantes sont formulées afin d’améliorer les efforts de prévention et de contrôle du choléra : mener des évaluations rigoureuses et structurées des programmes de lutte contre le choléra ; explorer des modèles améliorés de préparation aux épidémies, notamment la mobilisation rapide des fournitures et le déploiement de personnel qualifié ; investir dans les partenariats avec les autorités nationales et locales et d’autres agences et les renforcer dans le cadre des activités de préparation aux épidémies ; et normaliser les modèles de rapports au sein des pays et entre eux afin de fournir des données cohérentes et accessibles au personnel interne et externe et de rassembler les enseignements tirés.

Sur la base de cette analyse, les recommandations suivantes sont formulées afin d’améliorer les efforts de prévention et de contrôle du choléra : mener des évaluations rigoureuses et structurées des programmes de lutte contre le choléra ; explorer des modèles améliorés de préparation aux épidémies, notamment la mobilisation rapide de fournitures et le déploiement de personnel qualifié ; investir dans les partenariats avec les autorités nationales et locales et d’autres agences dans le cadre des activités de préparation aux épidémies, et les renforcer ; et normaliser les modèles de rapport au sein des pays et entre eux afin de fournir des données cohérentes et accessibles au personnel interne et externe et de rassembler les enseignements tirés.

Fardeau

Le choléra, causé par V. cholerae, est une maladie mortelle. Au Bangladesh, le choléra est endémique à certaines saisons, entraînant chaque année une morbidité et une mortalité importantes. V. cholerae est une flore indigène de l’environnement aquatique estuarien. La bactérie présente dans l’environnement se trouve principalement à l’état dormant, non cultivable, mais peut redevenir active et se multiplier pour déclencher des épidémies saisonnières de choléra. Bien que le choléra saisonnier soit dû à des facteurs climatiques naturels, la maladie prend le caractère d’une épidémie en raison de la transmission rapide de V. cholerae par voie fécale-orale, les populations marginalisées dépendant des eaux de surface contaminées pour leur consommation et leurs autres besoins domestiques.

Déficit de connaissances

Nous voulons comprendre la réponse de croissance de V. cholerae, en particulier ce qui déclenche l’activité de la bactérie à partir d’un état dormant non cultivable, et si des éléments disponibles localement et sans coût, tels que les cendres, pourraient tuer la bactérie infectieuse présente dans les selles afin de décontaminer l’environnement ; l’objectif est de développer une méthode durable pour prévenir la transmission du choléra.

Pertinence

Cette étude permettra d’acquérir des connaissances sur les réponses de croissance de V. cholerae et sur une méthode gratuite de décontamination des selles, dans le but de prévenir la transmission du choléra.

Hypothèse

• Les facteurs climatiques et humains contribuent à la croissance active de V. cholerae, responsable du choléra saisonnier, afin de prévenir la transmission du choléra.
• Les cendres de bois pourraient constituer une méthode durable de décontamination des selles afin de prévenir la transmission de V. cholerae.

Objectifs

• Étudier les facteurs environnementaux et humains qui activent V. cholerae, une bactérie naturellement présente et incurable, à l’origine du choléra saisonnier.
• Tester l’efficacité des cendres de bois dans la décontamination de V. cholerae présent dans les selles afin de réduire la transmission du choléra.

Méthodes

Des échantillons d’eau seront prélevés sur quatre sites de Mathbaria, et la température, la turbidité, le pH, la salinité, le total des solides dissous et la conductivité de l’eau seront surveillés toutes les deux semaines pendant les mois de mars à mai et de septembre à novembre, et tous les mois le reste de l’année. Les V. cholerae toxigènes seront isolés (Alam et al. 2006a) et caractérisés en termes de polymorphismes adaptatifs de virulence (VAP) et d’empreintes moléculaires. De plus, des microcosmes de laboratoire seront construits avec deux V. cholerae toxigènes afin de tester la réponse de croissance de la bactérie et le rôle des cyanobactéries (Islam et al., 1990a ; Islam et al., 1990b) et la bile sera surveillée à différentes températures, différents pH, différentes salinités et différentes conductivités. Dans cette étude, l’efficacité de la décontamination des selles diarrhéiques rejetées contenant V. cholerae sera surveillée et comparée à celle de désinfectants disponibles dans le commerce, tels que la poudre de blanchiment.

Mesures/variables des résultats

La réponse de croissance de V. cholerae à différents facteurs climatiques, ainsi que le rôle des cyanobactéries et de la bile dans les microcosmes, constitueraient un résultat à mesurer. La charge de V. cholerae dans les selles cholériques à différentes concentrations et à différents moments du traitement à la cendre de bois constituerait également un résultat à mesurer.

Vibrio cholerae échappe souvent aux méthodes de culture lorsqu’il est à l’état dormant et non cultivable dans le milieu aquatique, bien qu’il puisse se développer activement et provoquer des épidémies saisonnières de choléra. Nous avons conçu cette étude afin de mettre en évidence les conditions climatiques et/ou les substances naturelles sans coût qui pourraient stimuler la croissance de la bactérie, dans le but de contribuer à la prévention des maladies dans les zones endémiques.

Vibrio cholerae est une bactérie aquatique qui passe la période interépidémique dans un état dormant et non cultivable. Les facteurs climatiques ou naturels bien définis qui déterminent les réponses de croissance de la bactérie pourraient contribuer à la prévention des maladies dans les zones endémiques.